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小琉球目前屬於臺灣大鵬灣國家風景區的一部分，著名景點與風景區有「美人洞」、「山豬溝」、「烏鬼洞」，以上三個為收費風景區，由琉球鄉公所收費管理。

其餘具特色的景點有：「肚子坪潮間帶」，若由達人帶領可見到許多美麗的生態生物；「蛤版灣沙灘」，一道如銀河般的沙灘；「杉福生態廊道」，為舊有軍區目前有步道可自由進入；「中澳沙灘」，是島上最佳戲水的沙灘；「花瓶石」，小琉球地標，其鄰近海域為保護區亦為浮潛的最佳潛點，並可不時見到海龜與海龜共遊。